1、物理精煉：先將油脂水化或磷酸處理，除去其中的磷脂，膠質等物質。再將油脂預熱、脫水、脫氣進入脫酸塔，維持殘壓，通入過量蒸汽，在蒸汽溫度下，游離酸與蒸汽共同蒸出，經冷凝析出，除去游離脂肪酸以外的凈損失，油脂中的游離酸可降到很低量，色素也能被分化，使顏色變淺。

       2、甲醇預酯化：先將油脂水化脫膠，用離心機除去磷脂和膠等水化時形成的絮狀物，然后將油脂脫水。原料油脂加入過量甲醇，在酸性催化劑存在下，進行預酯化，使游離酸轉變成甲酯。蒸出甲醇水，經分餾后，無游離酸的分出C12-16棕櫚酸甲酯和C18油酸甲酯。

       3、酯交換反應：經預處理的油脂與甲醇一起，加入少量NaOH做催化劑，在特定溫度與常壓下進行酯交換反應，即能生成甲酯，采用二步反應，通過一個特定設計的分離器連續地除去初反應中生成的甘油，使酯交換反應繼續進行。

       4、重力沉淀、水洗與分層。

       5、油的分離與粗制甲酯的獲得。

       6、水分的脫出、甲醇的釋出、催化劑的脫出與精制生物柴油的獲得。

       生物柴油設備的整個工藝流程實現閉路循環，原料都綜合利用，實現清潔生產。
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